La seconda metà del 1500 vide esplodere in Europa il fenomeno delle guerre di religione. Il grandioso sogno di Carlo V (1500-1558) di unificare l'Europa in un nuovo Sacro Romano Impero era fallito per l'aprirsi dí violenti dissidi tra cattolici e protestanti, dissidi che assunsero con í suoi successori drammatiche implicazioni politiche.
Il figlio primogenito Filippo Il (1527-1598),da Carlo V designato a succedergli sul trono di Spagna, che comprendeva anche i Paesi Bassi, nonché i domìni in Italia e in America, mostrò da subito di concepire la sua autorìtà come un mandato divino e si schierò apertamente come integerrimo paladino difensore del Cattolicesimo. In una lettera al proprio ambasciatore presso il papa scrisse infatti: «Potete rassicurare Sua Santità che, piuttosto che tollerare che si rechi il minimo danno alla religione e al servizio di Dio, preferirei perdere tutti i miei domìni e cento vite, se mai le avessi, perché non mi propongo, né desidero essere sovrano di un popolo eretico».
Il suo regno fu in effetti caratterizzato da persecuzioni spietate contro gli eretici o i presunti tali,che dettero luogo a macabre esecuzioni pubbliche o a deportazioni di massa, come quella dell' Andalusía e dalla regione di Valencia negli altopiani freddi e deserti della Castiglia di cinquantamila Moriscos (musulmani passati al Cristianesimo), di cui era messa in dubbio la sincerità della conversione. L'intransigenza religiosa di Filippo II ebbe comunque le sue conseguenze e fra l'altro comportò per la sua corona la perdita di parte dei Paesi Bassi, di cui "Sette Province Unite" lottarono vittoriosamente per costituirsi come Repubblica indipendente (1581), separandosi dalle province meridionali cattoliche.
In Germania, dopo aspri conflitti, si era giunti con la pace di Augusta (1555) a disciplinare la convivenza della confessione cattolica e di quella protestante secondo un criterio che subordinava comunque la libertà della singola persona all'autorità politica: i sudditi infatti erano tenuti ad adeguarsi alla fede professata dal principe, salvo dover emigrare in un altro Paese nel caso in cui non volessero condividerla.
In Francia, dove aveva trovato larga diffusione il Calvinismo (Ugonotti) e la corona aveva appoggiato le forze cattoliche in confronti sanguinosi che culminarono nel massacro a tradimento degli Ugonoti parigini nel 1572 ("Notte di San Bartolomeo"), la parità di diritti fra i sudditi, indipendentemente dalla confessione professata, venne sancita solamente con l'editto di Nantes (1598), dopo che il re Enrico IV, capo del partito ugonotto, si era strategicamente convertito al Cattolicesimo (1594) e aveva avviato una politica di tolleranza.
In Inghilterra, spregiudicatamente liquidata la rivale cattolica Maria Stuarda, regina di Scozia (morì decapitata nel 1587], Elisabetta I che regno dal 1558 al 1603, seppe garantire la pace religiosa applicando compromessi pratici ma soprattutto con I'assicurarsi la compatta devozione "nazionale" dei sudditi contro il nemico spagnolo (vittoria nel 1588 della Marina inglese contro 1'Invincibile Armada di Filippo II di Spagna, mandata all'assalto dell'Isola).
L'unifìcazione,dopo la sua morte, dei regni di Scozia e Inghilterra sotto gli Stuart dette il via a un capitolo nuovo della storia inglese contrassegnato da aspri conflitti interni anche di natura religiosa, che culminarono con la decapitazione del re (1649) decretata dal parlamento.
Intanto con la guerra dei Trent'anni (1618-1648) la conflittualità religiosa divampata per mezzo secolo all'interno delle singole realtà nazionali si riservò violentemente sulle scacchiere internazionale dove le potenze Cattoliche (Spagna, Austria degli Asburgo, Lega degli Stati cattolici tedeschi) giunsero infine allo scontro aperto con la Francia, l'Olanda, l'Inghilterra, la Svezia e gli Stati protestanti tedeschi.
Le divergenze in materia di fede coprivano in realtà interessi politici diversi, come quello della Francia e della Spagna di assicurarsi un'egemonia continentale o quello degli Asburgo di acquisire il controllo reale di tutti gli Stati della Germania.
Alla fine del conflitto la grande ansia di rinnovamento religioso, di cui l'Esoterismo rinascimentale aveva espresso la punta di diamante, si era spenta.
I due schieramenti: Gli aderenti alle varie forme di Protestantesimo, assieme ai sovrani di Inghilterra e Danimarca e al reggente dei Paesi Bassi. Il mondo cattolico invece si raccoglie attorno al re di Spagna e al papa con i suoi cardinali.