Per quanto diverse possano essere le analisi e le valutazioni della straordinaria genialità di Leonardo da Vinci (1452-1519), nessuno può mettere in dubbio che l'obiettivo della sua vita fu la conoscenza. Pur conducendo sostanzialmente un'esistenza isolata,la sua presenza a Firenze e il suo legame con la casa medicea rendono plausibile l'ipotesi che abbia preso seriamente in considerazione il pensiero e le ricerche dei circoli ermetici e che si sia anche occupato di alchimia.
Ciò sembrerebbe in contrasto con la consueta presentazione di Leonardo come il primo scienziato moderno, instancabilmente impegnato a raccogliere informazioni, a chiedersi e a dare spiegazioni sulla natura senza la mediazione dell'autorità e della tradizione, non importa se ufficiale o esoterica. Nella disorganicità dei suoi appunti (progettò molti trattati, ma non ne realizzò nessuno), così come nella tendenza a lasciare incompiute le sue opere pittoriche, si coglie come costante l'esigenza di anatomizzare, cioè di scomporre la realtà per arrivare a capire attraverso quali specifiche aggregazioni le "cose" possono diventare macchine, oggetti naturali, esseri viventi. Tale "metodo" fa in effetti pensare a una concezione del sopra assai lontana da quella dei maghi e degli alchimisti, nelle ricerche dei quali, anche se sono presenti connessioni fra teoria ed esperimento, l'obiettivo è quello di perseguire la "trasmutazione" sulla base dell'idea «che i Princìpi costitutivi del mondo materiale si identifichino con elementi spirituali» (P. Rossi). Ma il rifiuto della magia e la battaglia per una collettivizzazione del sapere, comprensibile a tutti perché comunicabile, caratterizzano la prima metà del 1600 e sono alla base della nascita delle istituzioni e delle academie scientifiche. Occorre attendere Bacone (1561-1626) perché il Platonismo venga messo sotto accusa come "filosofia fantastica e tumida, quasi poetica", tuttavia pericolosa come tutte «le stoltezze capaci di suscitare venerazione». E con il Platonismo i nuovi "scienziati" liquidavano la dottrina dell'uomo-microcosmo e del mondo come "immagine vivente"di Dio.
E' anacronistico stabilire un confine tra la cosiddetta "scienza" e l'Esoterismo del Rinascimento,di cui Leonardo fu uno degli esponenti più significativi. A modo suo condivise la convinzione della forza inarrestabile e della potenza dell'intelletto umano, e in questo senso la storica inglese F .A. Yates lo definisce un Rosa-Croce ante litteram. Non sembra casuale che, nell'affresco dipinto in Vaticano da Raffaello e noto come La Scuola d'Atene, il pittore abbia dato a Platone le fattezze di Leonardo e lo abbia rappresentato con 1'indice rivolto verso il cielo (con lo stesso gesto Leonardo dipinse in più di un quadro san Giovanni Battista, annunciatore della rinnovata alleanza tra l'umano e il divino, mediante la venuta di Cristo).
D'altra parte fu proprio dall'esperienza culturale complessiva del Rinascimento che maturarono le condizioni per la nascita del pensiero scientifico moderno. «Il riconoscimento delle origini "torbide" della scienza moderna, la consapevolezza che la nascita della conoscenza scientifica non è così asettica, come ritenevano illuministi e positivisti, l'abbandono dell'immagine della scienza come progresso continuo, lineare e senza contrasti: tutto ciò non implica di necessità né la negazione del sapere scientifico, né l'abdicazione di fronte al primitivismo e al magismo» (P. Rossi).